也有的总承包人按照合同约定在合同生效时向发包人付一定数量款项作为质量保证金，待全部履行完合同义务后，发包人再予退回的款项。但由于有的工程价款构成不同，审计人员应据实核算。
在工程价款确认之后，应将总承包人收到发包人或总承包人支付分包人的工程价款逐笔进行核算。同时还应对收付各方的票据进行鉴证。这是因为有的建设工程缓建、停建之原因，致使工程未进行结算，或者有的工程款支付存在着一方先付款后收发票，或者一方先出具发票后收款，或者一方暂以收据作为收款凭证待工程完工结算完毕，收到全部工程款后再出具发票等原因，造成票据短缺或无效凭证现象，影响再建工程及时转入固定资产。故审计人员对票据审核也不可忽视。具体对工程款收付情况审计，应从支付方和收款方、单位名称、数额、日期、方式、逾期支付时间和数额，以及票据种类等情况进行审查。
八、总承包合同纠纷审计 总承包合同纠纷处理情况进行审计，是指建设工程当事人对履行合同中的权利、义务产生的异议。总承包合同往往涉及到发包人、总承包人、分包人、供货人等多个主体法律法律，加之一方或诸方主客观原因，致使过错方违反总承包合同事项约定，使相对方遭受经济损失。守约方依法或依约向过错方提出承担民事赔偿责任的主张而未获得赔偿，或双方争议事项处理结果处于待定状态。这些纠纷解决的方式一般有三种，一是当事人通过协商解决。二是依据总承包合同中仲裁条款或双方当事人达成的仲裁协议当事人申请仲裁机构仲裁。三是一方依法向人民法院起诉。这些方式在处理总承包合同纠纷中是多见的。因此，在审计中，审计人员应对当事人已处理或者将要申请仲裁起诉的合同纠纷情况进行关注，因为这些纠纷的支付款项，不仅涉及到合同的标的和工程款的数量，也关系到当事人的合同风险管理。因此，对总承包合同纠纷处理情况审计也是不可忽视的内容。
九、总承包合同管理内控制度审计 总承包合同管理内控制度审计是指审计人员对企业在履行总承包合同中，对影响组织目标实现存在或潜在存在予以接受，或者想办法采取措施，消除减少或转移各种不确定因素，而形成的合同风险管理规范完整性和有效性的评价活动。由于合同风险管理工程项目多样性、主体多体性、风险分担不等性和风险发生突然性以及动态管理之原因，合同风险管理内控制度的形成就分为成文或不成文两种。因此审计人员在对风险内控制度审计中，在注重对成文制度收集检查的同时，也不可忽视实际工作中形成的不成文的制度。在对合同风险管理的效果评价时，应从内控制度建立环节的完整性、执行环节的及时性和监督环节的有效性上去考察、分析。对合同风险管理的效果作出客观、真实、公正的评价。
在取得上述合同风险管理内控制度的各种信息和评价的基础上，审计人员应根据合同风险管理存在或潜在的不同阶段或合同履行过程，运用书面或口头形式向单位管理者（部门）出示风险监控和预警建议报告，使管理者及时采取控制风险的措施，减少损失，防止风险扩大。
综上所述，总承包合同中存在着诸多不确定因素，且有的总承包合同当事人已付出了民事责任赔偿的代价。或者有的因融及刑法追究了刑事责任。为了提高总承包工程当事人的合同风险管理能力，目前，建设工程总承包合同已成为总承包合同当事人不可忽视的合同风险管理关注点。本文所探索的建设工程总承包合同风险管理审计之内容，可根据总承包合同当事人的具体情况进行采用，也可选用。通过按照上述内容进行总承包合同风险管理审计，有利于当事人明白履约情况，分清责任，并针对薄弱环节或过错采取措施，减少损失。有利于受损失的当事人维护合法权益。从而，减少和避免总承包合同当事人的经营管理风险和提高预险、防险、避险的工程总承包合同风险管理能力。
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